Нелекуваната болест на Крон може да доведе до органна (чревна) недостатъчност. Лекарствата може да не контролират адекватно болестта и някои хора развиват усложнения, които изискват операция. При операция се отстранява само засегнатия сегмент на червата. Ползите от операцията обикновено са временни. Възпалението често се появява близо до мястото на резекция. Някои пациенти имат дълги периоди без симптоми. Не е възможно да се предвиди колко време ще продължи периодът на ремисия или кога ще се повторят симптомите.